KENETLENME YOLUYLA GÖZ TANSİYON TEDAVİSİ İÇİN KARBONİK ANHİDRAZ II ENZİMİNİN İNHİBİSYONUNDAN SORUMLU BİTKİSEL MOLEKÜLLERİN TESPİTİ, Meda Myriam MAKOUMOU MANGUIYA, 2024.
Moleküler kenetleme yöntemi ile HİV-1 proteaz için yeni aday inhibitörlerinin tasarlanması, Ayisha İsbandiyarova, 2023.
SARS-CoV-2 Proteaza ve h-ACE’ye karşı yeni aday moleküllerin kenetlen-me çalışmaları yoluyla belirlenmesi, Punar Aliyeva, 2023.
ALZHEİMER ve DEMANS HASTALIĞI İÇİN BİTKİ EKSTRAKTLARINDAN YENİ İLAÇ MOLEKÜLÜ ELDESİ, SENA VARDARLI, 2021.
MAO(Monoaminoksidaz ) enziminin ilaç inhibitörleriyle Depresyon ve Parkinson hastalığı için bitki kaynaklı yeni ilaç molekülü türevlendirilmesi, TUĞÇE ULUKÖYLÜ, 2021.
İstanbul Endemik Bitkilerinin Analizi ve Demans/Parkinson Üzerine Etkilerinin Hesaplamalı Kimya Yöntemleri ile İncelenmesi, ARZU DALYANCI, 2021.
İstanbul Endemik Bitkilerinin Analizi ve Depresyon/Alzheimer Üzerine Etkilerinin Hesaplamalı Kimya Yöntemleri ile İncelenmesi, Elif Kızılpınar, 2021.
Bagimlilik tedavisinde Bitki aktiflerinin Hesaplamali Kimya yontemleri ile incelenmesi, Samire Yusifovo, 2021.
Bağımlılık Tedavisinde Bitki Aktiflerinin Hesaplamalı Kimya Yöntemleri ile İncelenmesi, Samira YUSİFOVA, 2021.
Bitkisel Kaynaklı Bazı Maddelerin Antioksidan Aktivitelerinin Deneysel ve Hesaplamalı Bir Yaklaşım ile Belirlenmesi, Yeşim Ayık, 2021.
ÇELİK SEKTÖRÜNDE KULLANILAN BOYALARIN İŞ SAĞLIĞI VE GÜVENLİĞİ AÇISINDAN İNCELENMESİ, SERHAT EMESKİ, 2020.
ÇELİK SEKTÖRÜNDE KULLANILAN BOYALARIN İŞ SAĞLIĞI VE GÜVENLİĞİ AÇISINDAN İNCELENMESİ, SERHAT EMESKİ, 2020.
Fındık Meyvesinin Antioksidan Aktivitesinin Hesaplamalı Kimya Yöntemleri İle Tespit Edilmesi, İbrahim Barış Ölüç, 2020.
Gaucher, Dermatomyositis Ve Duchenne Musküler Distro Hastalıklarının Tedavilerinde Kenetlenme Yöntemi İle Mevcut İlaçlarının Yeniden Konumlandırılması ve Bitki Aktiflerinden Yeni Aday İlaç Moleküllerinin Tespit Edilmesi, SUDENUR TURAN, 2020.
Charcot-Marie-Tooth Hastalığının Tedavisi için Yeni İlaç Moleküllerinin Araştırılması, GİZEM TUNA, 2020.
Fındık Meyvesinin Antioksidan Aktivitesinin Hesaplamalı Kimya Yöntemleri İle Tespit Edilmesi, İBRAHİM BARIŞ ÖLÜÇ, 2020.
DMD TEDAVİSİNDE ALTERNATİF İLAÇ MOLEKÜLLERİNİN TESPİT EDİLMESİ, Sude Nur TURAN, 2020.
PAR1 ve PAR4 Genleri İle Antikoagülan İlaç Etkileşimlerinin Kenetlenme Yöntemi İncelenmesi ve Olası Daha Aktif İlaç Moleküllerinin Tasarımını Yapılması, CEREN KAYA, 2019.
ÇELİK SEKTÖRÜNDE KULLANILAN BOYALARIN İŞ SAĞLIĞI VE GÜVENLİĞİ AÇISINDAN İNCELENMESİ, SERHAT EMESKİ, 2019.
Turna yemişi, Çilek ve Zerdeçal Meyvesinin Antioksidan Bileşiklerin Aktivasyonunun Hesaplamalı Kimya Yöntemleri İle Belirlenmesi, Elçim Ayşakar, 2019.
İmalat Sanayisinde Kullanılan Kimyasalların İş Sağlığı Üzerine Etkileri, Süha Er, 2017.
6331 Sayılı İş Sağlığı ve Güvenliği Kanunu Çerçevesinde Mutfak / Lokanta / İçecek Hizmetleri, Mehmet Erşen, 2015.
Monoamin Oksidaz B (MAO B) Katalizleme Tepkimesine Aktif Bölgenin Etkisi, Hazal Engin, 2015.
6.2. Doctorate Theses
Deneysel Otoimmün Prostatitis (DOP) Tedavisinde Aday Antioksidan Moleküllerin in Silico / in Vivo Olarak Etkinliklerinin Tayin Edilmesi, Sezen Gizem Aydoğan, 2023.
7. Publications
7.1. Papers published in internationally refereed journals (Scopus Indexed)
YILMAZ R. F., DERİN Y., MISIR B. A., ATALAY V. E., TUTAR Ö. F., ÖKTEN S., TUTAR A., Synthesis and spectral properties of symmetrically arylated BODIPY dyes: Experimental and computational approach, Journal of Molecular Structure, (2023), (), 135962, .
Oktay E. Ö., Kaman T., Karasakal Ö. F., Atalay V. E., In Silico Prediction and Molecular Docking of SNPs in NRP1 Gene Associated with SARS-COV-2, Biochemical Genetics, (2023), (), -, .
ATALAY V. E., DEMIRBEK M. G., ÖLÜÇ Y. A. Ç. a. İ. B., INVESTIGATION OF ANTIOXIDANT EFFECTS OF VARIOUS ORGANIC OIL COMPONENTS BY THEORETICAL METHODS, Revue Roumaine de Chimie, (2022), 67(8-9), 439–446, .
Cebecioglu R. E., Akagunduz D., Bermek H., Atalay V. E., Catal T., Decolorization mechanisms of reactive yellow 145 and ponceau S in microbial fuel cells during simultaneous electricity production, Main Group Chemistry, (2022), (), 1-13, .
Atalay V. E., Savaş B., Development of potential inhibitors of cell division protein kinase 2 by ligand based drug design, Main Group Chemistry, (2021), (), 1-10, .
Köprülü T. K., Ökten S., Atalay V. E., Tekin Ş., Çakmak O., Biological activity and molecular docking studies of some new quinolines as potent anticancer agents, Medical Oncology, (2021), 38(84), 1-11, .
Atalay V. E., Ölüç İ. B., Antioxidant activity of the hazelnut plant determination by computational chemistry methods, Main Group Chemistry, (2021), 4(19), 273-282, .
Cakir K., Erdem S. S., Atalay V. E., ONIOM calculations on serotonin degradation by monoamine oxidase B: insight into the oxidation mechanism and covalent reversible inhibition, Organic & Biomolecular Chemistry, (2020), 14(), 9239-9252, .
Ozkok F., Sahin Y. M., Atalay V. E., Asgarova K., Onul N., Catal T., Sensitive detection of iron (II) sulfate with a novel reagent using spectrophotometry, Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy, (2020), 240(), 118631, .
Atalay V. E., Ayık Y., Antioxidative activity analyses of some pyridazine derivatives using computational methods., Chemical Papers, (2019), 73(), 3105-3113, .
Atalay V. E., Ayık Y., Antioxidative activity analyses of some pyridazine derivatives using computational methods, Chemical Papers, (2019), (), 1-9, https://doi.org/10.1007/s11696-019-00850-6.
Sen P., Yıldız S. Z., Atalay V. E., Kanmazalp S. D., Dege N., SYNTHESIS, MOLECULAR STRUCTURE AND SPECTROSCOPIC AND COMPUTATIONAL STUDIES ON 4-(2-(2-(2-FORMYLPHENOXY)ETHOXY)ETHOXY)PHTHALONITRILE AS A FUNCTIONALIZED PHTHALONITRILE, Macedonian Journal of Chemistry and Chemical Engineering, (2019), 38(1), 691-703, https://doi.org/10.20450/mjcce.2019.1495.
ATALAY V. E., A comparative computational investigation on the proton and hydride transfer mechanisms of monoamine oxidase using model molecules, Computational Biology and Chemistry, (2018), 47(), 181-191, .
Catal T., Kul A., Atalay V. E., Bermek H., Ozilhan S., Tarhan N., Efficacy of microbial fuel cells for sensing of cocaine metabolites in urine-based wastewater, Journal of Power Sources, (2018), 414(), 1-7, https://doi.org/10.1016/j.jpowsour.2018.12.078.
Catal T., Yavaser S., Enisoglu-Atalay V., Bermek H., Ozilhan S., Monitoring of neomycin sulfate antibiotic in microbial fuel cells_, Bioresource Technology, (2018), 268(), 116 - 120, https://doi.org/10.1016/j.biortech.2018.07.122.
Atalay V. E., Ölüç İ. B., M. Karahan, Modeling of BSA–Metal Ion-Acrylic Acid Complex by Theoretical Methods: Semi-Empirical PM6 and Docking Study, ACTA PHYSICA POLONICA A, (2018), 134(6), 1200-1203, https://doi.org/10.12693/aphyspola.134.1200.
Enisoglu-Atalay V., Atasever-Arslan B., Yaman B., Cebecioglu R., Kul A., Ozilhan S., Ozen F., Catal T., Chemical and molecular characterization of metabolites from Flavobacterium sp., PLOS ONE, (2018), 13(10), 205817, https://doi.org/10.1371/journal.pone.0205817.
Derin Y., Yılmaz R. F., Baydilek İ. H., Atalay V. E., Özdemir A., Tutar A., Synthesis, electrochemical/photophysical properties and computational investigation of 3,5-dialkyl BODIPY fluorophores,, Inorganica Chimica Acta, (2018), (), 130-135, https://doi.org/10.1016/j.ica.2018.06.006.
7.2. Papers published in other internationally peer-reviewed journals
Çi̇ftci̇ B., Ökten S., Koçyi̇ği̇t Ü. M., Atalay V. E., Ataş M., Çakmak O., Functionalized methoxy quinoline derivatives: Experimental and in silico evaluation as new antiepileptic, anti-Alzheimer, antibacterial and antifungal drug candidates, European Journal of Medicinal Chemistry Reports, (2024), (), , .
Atalay V. E., Asar S., Determination of the inhibition effect of hesperetin and its derivatives on Candida glabrataby molecular docking method, THE EUROPEAN CHEMISTRY AND BIOTECHNOLOGY JOURNAL, (2024), (), , .
Kocatürk R. R., Atalay V. E., Latest advances in epigenetic mechanisms of nutrients in breast cancer and the relation of homocysteine mechanism, Food and Health, (2023), (), 1-9, .
Atış İ. S., Şahin K. F., Kaşıkçı E., Karahan M., A DFT study: ranking of antioxidant activity of various candidate molecules, UNEC JOURNAL OF ENGINEERING AND APPLIED SCIENCES, (2022), 2(1), 33-40, .
Ozkok F., Sahin Y. M., Atalay V. E., Asgarova K., Onul N., Catal T., Dataset on Catal's reagent: Sensitive detection of iron (II) sulfate using spectrophotometry, Data in Brief, (2020), (), 106149, .
, Psoriazis Genetik Faktörler, Tetikleyici Faktörler, Tedavi Seçenekleri veKomorbiditeleri, ERÜ Sağlık Bilimleri Fakültesi Dergisi, (2019), 6(2), 11 - 20, .
Ozdemir M., Enisoglu-Atalay V., Bermek H., Ozilhan S., Tarhan N., Catal T., Removal of a cannabis metabolite from human urine in microbial fuel cells generating electricity, Bioresource Technology Reports, (2019), 5(), 121-126, https://doi.org/10.1016/j.biteb.2019.01.003.
ATALAY V. E., Ocak H., Bazı Fenolik Bileşiklerin Yoğunluk Fonksiyonu Yöntemi ile Antioksidan Aktivitelerinin Tayin Edilmesi, Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, (2019), 23(), 139-146, https://doi.org/10.19113/sdufenbed.439631.
ATALAY V. E., Determination of the pKa values of some pyridine derivatives by computational methods, Bulgarian Chemical Communications, (2018), (), 16-19, .
AKKOYUN H. T., Bengu A. S., Ulucan A., Akkoyun M. B., Ekin S., Temel Y., Çiftçi M., Yeşil Çaydaki Antioksidan Moleküllerin Özelliklerinin Kuantum Kimyasal Yöntemler İle İncelenmesi, Igdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, (2018), 8(4), 55-65, https://doi.org/10.21597/jist.412070.
Atalay V. E., Oluc I. B., Karahan M., A Docking Study: Modeling of BSA-Metal ion-polycomplexes of Poly (Methyl Vinyl Ether-co-Maleic Anhydride), Journal of Chemistry and Chemical Sciences, (2018), 8(6), 955-963, https://doi.org/10.29055/jccs/667.
ATALAY V. E., Determination of the pKa Values of Some 1,2,4-triazole Derivatives by the Quantum Chemical Methods, J.Chem.Soc.Pak, (2018), 40(6), 1125-1130, .
7.3. Assertions presented in international scientific congresses and published in the proceedings
Özdemir M., Gündoğdu M., Ayık Y., Atalay V. E., IDENTIFICATION OF ALTERNATIVE COMPOUNDS OF PLANT ORIGIN FOR WOUND, SCAR AND BURN TREATMENTS IN SILICO, 19th International Scientific Research Congress, (17.03.2024), Online
Gündoğdu M., Özdemir M., Ayık Y., Atalay V. E., Computational Identification of New Candidate Actives of Plant Origin for Natural/Anti‐Photo Skin Aging, 4th International Symposium of Scientific Research and Innovative Studies, (13.03.2024), Online
Şahin K. F., Atalay V. E., Özcan F., Homology Modelling of the UBA Domain of SIK2, 1st Balkans Clinical Neuroscience Symposium, (11.09.2021), BOSNA HERSEK
ATALAY V. E., KARAHAN M., A DFT Study: Ranking of Antioxidant Activity of Various Candidate Molecules, ICINSE 2019, (26.10.2019),
ATALAY V. E., Ölüç İ. B., The BODIPY Fluorophores-BSA Complexes by Docking Approac, ICINSE 2019, (26.10.2019),
ÖZDEMİR M., TARHAN K. N., ÖZİLHAN S., ÇATAL T., ATALAY V. E., bermek h., Removal of cannabis metabolite from human urine in microbial fuel cells generating electricity, “4th International Congress on Biomaterials & Biosensors (BIOMATSEN 2019), (12.05.2019),
ÖZDEMİR M., TARHAN K. N., ÇATAL T., ATALAY V. E., N O., Removal of cannabis metabolite from human urine in microbial fuel cells generating electricity, 4th International Congress on Biomaterials & Biosensors, BIOMATSEN, Mugla, (01.01.2019),
SEVİMOĞLU T., ATALAY V. E., A Comparative Docking Study of Psoriasis Disease Proteins with Psoriasis Drugs versus Plant Extracts Used in Phytotherapy, IVEK BIO, (26.11.2018),
ATALAY V. E., Antioxidant Activity Analyses of Humic Acid and Fulvic Acid, International Conference on Innovative Engineering Applications, (20.09.2018),
Atalay V. E., Ayık Y., Ocak H., Antioxidant Activity Analyses of Humic Acid And Fulvic Acid, International Conference on Innovative Engineering Applications, (20.09.2018), Sivas-Türkiye
ATALAY V. E., Determination of the Antioxidant Activity by Quantum Chemical Approach, 2nd International Conference on Innovations in Natural Science and Engineeri, (07.09.2018),
ATALAY V. E., Antioxidant Activity Analyses of Some Pyridazine Derivatives, International Conference on Physical Chemistry and Functional Materials (PCFM'18), (19.06.2018),
Atalay V. E., Ayık Y., Antioxidant Activity Analyses of Some Pyridazine Derivatives, International Conference on Physical Chemistry and Functional Materials, (19.06.2018), Elazığ-Türkiye
ÖZİLHAN S., ÇATAL T., ATALAY V. E., bermek h., Effects of Neomycin Sulfate on Power Generation in Electroactive Biofilm-Based Microbial Fuel Cells, The 17th International Conference on Electroanalysis (ESEAC 2018), (04.06.2018),
ATALAY V. E., 'Determination Of Protonation Constants of Triazole Derivatives by Computational Methods, International Conference on Innovations in Natural Science and Engineering (ICINSE 2018), (03.01.2018),
7.4. International books or chapters
YÜCEL P. D. S., ATALAY A. P. D. V. E., AYIK R. A. Y., ANTIOXIDANTS, (2022), ISBN: 978-625-8377-34-7.
YÜCEL P. D. S., ATALAY A. P. D. V. E., AYIK R. A. Y., COMPUTATIONAL CHEMISTRY FOR ANTIOXIDANTS, (2022), ISBN: ISBN: 978-625-8377-34-7.
KOKŞA P. D. S. Y. A. P. D. E. S. K. A. P. D. V. E. A. A. P. D. A. T. A. P. D. T. S. R. A. Y. A. D. B. Ç. M. N. M. M. B. M., THE ROLE OF ANTIOXIDANTS AND OXIDATIVE STRESS IN NEURODEGENERATIVE DISEASES AND AGING, (2022), ISBN: 978-625-8377-34-7.
7.5. Papers published in national peer-reviewed journals
SEVİMOĞLU*1 T., ATALAY2 V. E., ÖZTÜRK3 A., Determination of Candidate Alternative Plant Actives for Dementia and Alzheimer’s Disease Proteins through Docking Studies, Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri EnstituDžsuDž Dergisi, (2023), 27(2), 255-265, .
ATALAY V. E., AYIK Y., Yeni CDK2 İnhibitörlerinin Keşfedilmesi İçin Bazı Piridazin Türevi Bileşiklerin SAR Analizi ve Kenetlenme Çalışması, Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, (2022), 26(2), 268-274, .
ATALAY V. E., AYIK Y., SAR Analysis and Molecular Modeling Study of Some Pyridazine Derivatives for Discovery of New CDK2 Inhibitors, Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, (2022), 26(2), 268-274, .
7.6. Assertions presented in national scientific congresses and published in the proceedings
Turan S. N., Atalay V. E., Sevimoğlu T., Investigation of Alternative Drug Molecules for Astrocytoma Using Bioinformatics and Molecular Mechanics Tools, 3rd International Eurasian Conference on Biological and Chemistry Sciences, (19.03.2020), Ankara - Türkiye
Ayık Y., Yücel S., Atalay V. E., Bitkisel Kaynaklı Çeşitli Bileşiklerin Antioksidan Aktivitelerinin HOMO-LUMO Enerji Haritaları Doğrultusunda Değerlendirilmesi, 31. Ulusal Kimya Kongresi, (10.09.2019), İstanbul-Türkiye
ÇATAL T., TARHAN K. N., ÖZDEMİR M., ÖZİLHAN S., ATALAY V. E., Yavaşer H. B. S., Uzay Araştırmalarında Mikrobiyal Yakıt Hücre Teknolojisi, 2. ASTROBİYOLOJİ KONFERANSI ODTÜ, (17.11.2018),
Atalay V. E., Ayık Y., Yeni CDK2 İnhibitörlerinin Keşfedilmesi İçin Bazı Piridazin Türevi Bileşiklerin SAR Analizi ve Kenetlenme Çalışması, III. Yaşam Bilimleri Kongresi, (23.02.2018), Kayseri-Türkiye
7.7. Other publications
Books published by national publishers
Book chapters published by national publishers
8. Projects
ATALAY V. E.,
TÜBİTAK Öğrenci Projesi,
Kardiyovasküler Hastalıklarda Kullanılan Anaritmik İlaçların Araştırılması ve İn Silico Yöntemlerle Yeniden Konumlandırılması,
(Head),
(Expire date :30.08.2024),
ÇATAL T., ATALAY V. E.,
Diğer Ulusal Kamu Kuruluşları ,
Geliştirilen Toprak Tabanlı Mikrobiyal Yakıt Hücrelerinin Performansı Üzerinde Seçilen Çevresel Kirleticilerin Etkisinin Analizi: Yeni bir biyosensör önerisi,
(Researcher),
(Expire date :17.12.2024),
ÇATAL T., ATALAY V. E.,
Diğer Ulusal Kamu Kuruluşları ,
Geliştirilen Toprak Tabanlı Mikrobiyal Yakıt Hücrelerinin Performansı Üzerinde Seçilen Çevresel Kirleticilerin Etkisinin Analizi: Yeni bir biyosensör önerisi,
(Researcher),
(Expire date :30.03.2024),
Gündoğdu M., AYIK Y., ATALAY V. E., - ,
TÜBİTAK Öğrenci Projesi,
Cildin Doğal/Foto Yaşlanması Karşıtı Bitkisel Kökenli Yeni Etken Bileşiklerin In Siliko Olarak Belirlenmesi,
(Consultant),
(Expire date :23.11.2024),
Özdemir M., AYIK Y., - , ATALAY V. E.,
TÜBİTAK Öğrenci Projesi,
In Siliko Metotlarla Yara, Yara İzi ve Yanık Tedavileri için Alternatif Bitkisel Kökenli Bileşiklerin Belirlenmesi,
(Consultant),
(Expire date :23.11.2024),
ATALAY V. E., AYIK Y.,
TÜBİTAK Öğrenci Projesi,
Cildin Dogal/Foto Yaslanması Karsıtı Bitkisel Kökenli Yeni Etken Bilesiklerin In Siliko Olarak Belirlenmesi,
(Head),
(Expire date :17.11.2024),
ATALAY V. E., AYIK Y.,
TÜBİTAK Öğrenci Projesi,
In Silico Metotlarla Yara, Yara Izi ve Yanık Tedavileri Için Alternatif Bitkisel Kökenli Bilesiklerin Belirlenmesi,
(Head),
(Expire date :17.11.2024),
GÜREL A., ATALAY V. E., PROF.DR. AHMET TUTAR,
Diğer Ulusal Kamu Kuruluşları ,
İstanbul Bölgesi Bazı Endemik Bitki Aktiflerinin Antioksidan Özelliklerinin Araştırlması,
(Researcher),
(Expire date :04.09.2023),
ÇATAL T., ATALAY V. E.,
Kalkınma Ajansı Destekleri,
İstanbul Protein Araştırma Geliştirme ve İnovasyon Merkezi Kurulması,
(Researcher),
(Expire date :25.06.2018), TR10/16/YNY/0167
ATALAY V. E.,
Diğer Ulusal Kamu Kuruluşları ,
ZONGULDAK BARTIN DEFNESİNİN KEMOTİP BELİRLEME ÇALIŞMASI,
Danışman,
(Tamamlanma Tarihi :11.10.2020),
9. Administrative Duties
Enstitü Müdür Yardımcısı / Deputy Head of Institute - Fen Bilimleri Enstitüsü
(2021-Continues)
Ana Bilim Başkanı / Head of Department - Biyoinformatik
(2023-Continues)
Öğrenci Danışmanlığı / Student Adviser - 100 -150 Öğrenci Danışmanlığı
(2023-Continues)
Bölüm Başkan Yardımcısı / Deputy Head of Department - Moleküler Biyoloji ve Genetik (Türkçe) Bölüm Başkan Yardımcısı
(2020-Continues)
Merkez Müdür Yardımcısı / Deputy Head of Research Center - BİYOTEKMER Müdür Yardımcısı
(2018-Continues)
Merkez Müdür Yardımcısı / Deputy Head of Research Center - PROMER Müdür Yardımcısı
(2017-Continues)
Komisyon Başkanlığı / Head of Commission - Kalite Komisyonu Başkanı (Enstitü)
(2023-Continues)