ACADEMIC BACKGROUND

1. Name Surname

 : Ömer Faruk KARASAKAL

2. Date of Birth

 : 20.02.1989

3. Title

 : Dr. Öğr. Üyesi

Contact Information

: omerfaruk.karasakal@uskudar.edu.tr

4. Educational Background

Degree Department University Year
BSc Biyoloji Balıkesir Üniversitesi 2011
MSc Biyoloji/Biyokimya Balıkesir Üniversitesi 2013
PhD Biyoloji Marmara Üniversitesi 2021

5. Academic Titles

Degree Department University Year
Assistant Professor Biyoloji, Tıbbi Laboratuvar Teknikleri Üsküdar Üniversitesi 2021

6. Supervised Theses

6.1. Master's Theses

  1. LEIGH SENDROMU İLE İLİŞKİLİ BAZI GENLERDEKİ YANLIŞ ANLAMLI SNP'LERİN BİYOİNFORMATİK ARAÇLAR KULLANILARAK ANALİZİ, ALEYNA ÖZTÜRK, 2024.
  2. HUNTİNGTON HASTALIĞI İLE İLİŞKİLENDİRİLEN ERN1 VE TRAF2 GENLERİNDEKİ YANLIŞ ANLAMLI SNP'LERİN BİYOİNFORMATİK ANALİZİ, NURBANU TANRIVERDİ, 2023.
  3. EGE BÖLGESİNE AİT ZEYTİN YAPRAKLARINDAKİ OLEUROPEİN İÇERİĞİNİN HPLC İLE TESPİTİ VE ANTİOKSİDAN AKTİVİTELERİNİN BELİRLENMESİ, Beyza Çisil DEDE, 2023.
  4. AKÇAAĞAÇ ŞURUBU İDRAR HASTALIĞI (MSUD) İLE İLİŞKİLENDİRİLEN BCKDHA VE BCKDHB GENLERİNDEKİ TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİNİN IN SILICO ANALİZİ, Keziban ÇÖRDÜKÇÜ, 2023.
  5. BİYOİNFORMATİK ARAÇLAR KULLANILARAK OTİZM SPEKTRUM BOZUKLUĞU İLE İLİŞKİLİ KCND2 VE KCNJ10 GENLERİNDEKİ SNP’LERİN ANALİZİ, TAMER GÜR, 2023.
  6. SEDEF HASTALIĞI TEDAVİSİ İÇİN SNP’LERİN DEĞERLENDİLİMESİ VE IN SILICO MOLEKÜLLERİN TASARIMI, Rayana Maissa SMAİL, 2023.
  7. NÖROGELİŞİMSEL BOZUKLUKLARLA İLİŞKİLİ BAZI GENLERDEKİ TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİNİN İN SİLİKO ANALİZİ, Sadig ABDULLAYEV, 2023.
  8. NÖROGELİŞİMSEL BOZUKLUKLAR İLE İLİŞKİLENDİRİLEN GABRA1, GABRB1 VE GABRB3 GENLERİNDEKİ YANLIŞ ANLAMLI SNP’LERİN BİYOİNFORMATİK ARAÇLAR KULLANILARAK DEĞERLENDİRİLMESİ, Mehmet Manaz, 2022.
  9. OTİZM SPEKTRUM BOZUKLUĞUYLA İLİŞKİLİ CDH8 VE CDH10 GENLERİNDEKİ TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİNİN İN SİLİKO ANALİZİ, Azadeh Rezaeırad, 2022.
  10. ALZHEIMER HASTALIĞI İLE İLİŞKİLİ BAZI GENLERDEKİ TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİNİN İN SİLİKO OLARAK DEĞERLENDİRİLMESİ, Arash Rezaeırad, 2022.

7. Publications

7.1. Papers published in internationally refereed journals (Scopus Indexed)

  1. Ören E., Tuncay S., Toprak Y. E., Fırat M., Toptancı İ., Karasakal Ö. F., Işık M., Karahan M., Antioxidant, antidiabetic effects and polyphenolic contents of propolis from Siirt, Turkey, Food Science & Nutrition, (2024), (), 1-11, .
  2. Manaz M., Karasakal Ö. F., Oktay E. Ö., Karahan M., In silico analysis of missense SNPs in GABRA1, GABRB1 and GABRB3 genes associated with some diseases in neurodevelopmental disorders, Egyptian Journal of Medical Human Genetics, (2023), (), ., .
  3. Oktay E. Ö., Kaman T., Karasakal Ö. F., Atalay V. E., In Silico Prediction and Molecular Docking of SNPs in NRP1 Gene Associated with SARS-COV-2, Biochemical Genetics, (2023), (), -, .
  4. Kılınç N., Açar M., Tuncay S., Karasakal Ö. F., Identification of Potential Inhibitors for Severe Acute Respiratory Syndrome-related Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Angiotensin-converting Enzyme 2 and the Main Protease from Anatolian Traditional Plants, Letters in Drug Design and Discovery, (2021), 19(11), 996 - 1006, .
  5. OKTAY E. Ö., TUNCAY S., KAMAN T., KARASAKAL Ö. F., ÖZCAN Ö. Ö., SOYLAMIŞ T., KARAHAN M., KONUK M., An update comprehensive review on the status of COVID-19: vaccines, drugs, variants and neurological symptoms, TURKISH JOURNAL OF BIOLOGY, (2021), 42(), 342-357, .
  6. Karasakal Ö. F., Kayhan F. E., Akgül Ö., EFFECTS OF AMITRIPTYLINE ON OXIDATIVE STRESS PARAMETERS IN BRAIN TISSUE OF ZEBRAFISH, DANIO RERIO, Fresenius Environmental Bulletin, (2020), 29(07A/2020), 6022-6027, .
  7. KAMAN T., OKTAY E. Ö., ULUCAN K., KONUK M., KARASAKAL Ö. F., In silico approach to the analysis of SNPs in the human APAF1 gene, TURKISH JOURNAL OF BIOLOGY, (2019), (), 1-17, .
  8. KARASAKAL Ö. F., ÖZER A., KADRİYE K. Y., BURCU S., Hayriye K. U., Taner Y., Funda Ş., FARUK K. Ö., REYHAN Ç., ALİ Ö. Y., İzlemdeki HIV/AIDS Olgularındaki İntestinal Parazitlerin Konvansiyonel ve Moleküler Yöntemler ile Saptanması, Mikrobiyoloji Bülteni, (2018), 52(3), 273 - 283, .

7.2. Papers published in other internationally peer-reviewed journals

  1. Rezaeirad A., Karasakal Ö. F., Oktay E. Ö., Karahan M., In silico Evaluation of Single Nucleotide Polymorphisms in CHRNA7 and GRIN1 Genes Related to Alzheimer's Disease, The Journal of Neurobehavioral Sciences, (2022), (), 22-28, .
  2. KARASAKAL Ö. F., ESİN K. F., Şeyma T. K., Eylül E. D. H., FARUK K. Ö., Güllü K., Potential toxic effects of mancozeb on catalase (CAT) activity and lipid peroxidation (LPO) on brain tissue of zebrafish, Danio rerio., Elixir Pollution, (2018), 114(2), 49318 - 49322, .
  3. KARASAKAL Ö. F., hayriye k. u., özer a., KEMAL M., Şafak B., Tunga B. Ü., sevim p., HANDAN Ç., FARUK K. Ö., ALİ Ö. Y., Molecular Detection of Endemic Listeriosis and Toxoplasmosis in Shelter Dogs in Istanbul, Turkey, International Journal of Veterinary Science, (2017), 6(1), 36 - 40, .
  4. KARASAKAL Ö. F., FADİMANA Ç., ÖZER A., TURGUT Ç., FARUK K. Ö., ERHAN Ö., KOYUNCU Ö. Ö., The Colonization and Infection Relationship in Hospitalized Patients at Intensive Care Unit, INDIAN JOURNAL OF APPLIED RESEARCH, (2015), (), 568-570, https://doi.org/10.15373/2249555x.

7.3. Assertions presented in international scientific congresses and published in the proceedings

  1. Oren E., Toprak Y. E., Toptanci I., Isik M., Karasakal O. F., Karahan M., Tuncay S., Characterization of Siirt Propolis Extracts Obtained with Water and Ethanol by LC-MS/MS, Determination of Their Effects on Antioxidant and Diabetes, 2. Uluslararası Gıda Kimyası Kongresi, (16.03.2023), Antalya
  2. OKTAY E. Ö., KONUK M., KARASAKAL Ö. F., KAMAN T., IN SILICO APPROACH FOR ANALYSIS OF SNPs IN THE ABAD/HSD17B10 GENE, 13th Balkan Congress of Human Genetics, (17.04.2019),

7.4. International books or chapters

  1. Pişkinpaşa N., Karasakal Ö. F., Synthetic Peptide Vaccine Models Design, Synthesis, Purification, and Characterization, Chapter 2. Introduction to Vaccination, (2021), ISBN: 9780367473280.

7.5. Papers published in national peer-reviewed journals

  1. Rezaeirad A., Karasakal Ö. F., Kaman T., Karahan M., Evaluation of SNP in the CDH8 and CDH10 Genes Associated with Autism Using In-Silico Tools, Turkish Journal of Science and Technology, (2024), (), , .
  2. TANRIVERDİ N., KARASAKAL Ö. F., KARAHAN M., Huntington Hastalığı ile İlişkili ERN1 ve TRAF2 Genlerindeki Yanlış Anlamlı SNP'lerin In Silico Değerlendirilmesi, Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi, (2023), (), ., .
  3. KARASAKAL Ö. F., OKTAY E. Ö., KAMAN T., Evaluation of missense SNVs within human APOE (Apolipoprotein E) gene via bioinformatics tools, Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, (2023), (), ., .
  4. OKTAY E. Ö., KAMAN T., KARASAKAL Ö. F., ULUCAN K., KONUK M., TARHAN N., Alzheimer Hastalığı ile İlişkilendirilen APH1A Genindeki Zararlı SNP’lerin In Silico Yöntemler ile Belirlenmesi, Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, (2019), 23(2), 196-204, https://doi.org/10.19113/sdufenbed.522738.

7.6. Assertions presented in national scientific congresses and published in the proceedings

  1. ABDULLAYEV S., KARASAKAL Ö. F., KARAHAN M., SYN1 Genindeki Yanlış Anlamlı SNP'lerin In Siliko Analizi, 12. Ulusal Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresi, (07.10.2023), İstanbul
  2. KARASAKAL Ö. F., OKTAY E. Ö., ULUCAN K., KONUK M., KAMAN T., ALZHEİMER HASTALIĞINDA ROLÜ OLAN BETA SEKRETAZ GENİNİN (BACE1) IN SILICO ANALİZİ, TBD Uluslararası Biyokimya Kongresi 2018 - 29. Ulusal Biyokimya Kongresi (26.10.2018 tarihinde kongre katılımı), (30.10.2019),
  3. OKTAY E. Ö., KONUK M., KARASAKAL Ö. F., KAMAN T., IN SILICO APPROACH FOR ANALYSIS OF SNPs IN THE ABAD/HSD17B10 GENE, 13th Balkan Congress of Human Genetics, (17.04.2019),
  4. KAMAN T., OKTAY E. Ö., ULUCAN K., KONUK M., KARASAKAL Ö. F., BİLGİSAYAR TABANLI YAZILIM ARAÇLARI İLE APH1B GENİNDEKİ FONKSİYONEL SNP’LERİN TAHMİN EDİLMESİ, TBD Uluslararası Biyokimya Kongresi 2018 - 29. Ulusal Biyokimya Kongresi, (29.10.2018),

7.7. Other publications

Books published by national publishers

Book chapters published by national publishers

8. Projects

  1. KARASAKAL Ö. F., TÜBİTAK Öğrenci Projesi, CDH9 genindeki yanlış anlamlı SNP’lerin in silico analizi, (Head), (Expire date :21.03.2025),
  2. KARASAKAL Ö. F., TÜBİTAK Öğrenci Projesi, Parkinson Hastalığı ile ilişkili olan SNCA genindeki yanlış anlamlı SNP’lerin biyoinformatik analizi, (Head), (Expire date :21.03.2025),

9. Administrative Duties

  1. M.Y.O. Müdür Yardımcısı / Deputy Head of Vocational Health School - Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu (2019-Continues)
  2. Bölüm Başkanlığı / Head of Department - Tıbbi Hizmetler ve Teknikler (2020-Continues)
  3. Program Başkanlığı / Head of Program - Tıbbi Laboratuvar Teknikleri (2019-Continues)
  4. Laboratuvar - Laboratuvar Sorumlusu (2022-Continues)
  5. Merkez Müdür Yardımcısı / Deputy Head of Research Center - ÜSUZEM Müdür Yardımcısı (2020-Continues)
  6. Kurul Üyeliği / Board Member - FİHADEK (2024-Continues)
  7. Kurul Üyeliği / Board Member - Uygulama ve Araştırma Merkezi (2020-Continues)
  8. Kurul Üyeliği / Board Member - MYO Kurulu Üyeliği (2019-Continues)
  9. Kurul Üyeliği / Board Member - MYO Yönetim Kurulu Üyeliği (2019-Continues)
  10. Komisyon Üyesi / Member of Commission - Kalite Komisyonu (Enstitü / Fakülte / MYO) (2023-Continues)
  11. Komisyon Üyesi / Member of Commission - Muafiyet Komisyonu (2020-Continues)
  12. Çalışma Grubu Üyelikleri / Research Group Membership - Biyolojik Aktiviteler Grubu (2020-Continues)
  13. Çalışma Grubu Üyelikleri / Research Group Membership - Hesaplamalı Biyoloji ve In Silico Çalışmaları Grubu (2020-Continues)
  14. Çalışma Grubu Üyelikleri / Research Group Membership - İş sağlığı ve Güvenliği Çalışma Grubu (2020-Continues)
  15. Çalışma Grubu Üyelikleri / Research Group Membership - Nörogenetik Çalışma Grubu (2019-Continues)

10. Scientific Memberships

11. Awards

12. Coourses recently given

Academic Year Semester Course name Hours Number of Students
Theoretical Application
2023-2024 Spring Biyolojik Veri Tabanları (Master) - Group 2 3 0 14
Tıbbi Biyoloji ve Genetiğe Giriş (Associate) - Group 4 2 0 198
Tıbbi Biyoloji ve Genetik (Associate) - Group 4 2 0 236
Biyokimya (Associate) - Group 4 2 0 272
Tıbbi Analiz Teknikleri (Associate) - Group 4 2 0 100
Laboratuvar Aletlerinin Kullanımı ve Bakımı (Associate) - Group 4 2 0 240
Fall Temel Biyoloji (Undergraduate) - Group 2 2 0 84
Çalışma Ortamında Biyolojik Etmenler (Undergraduate) - Group 2 3 0 30
Temel Anatomi ve Fizyoloji (Associate) - Group 6 3 0 400
Klinik Biyokimya (Associate) - Group 4 3 2 294
Laboratuvar Güvenliği (Associate) - Group 4 2 0 248

Created: 26.10.2024