ACADEMIC BACKGROUND

1. Name Surname

 : NİGAR ÇARŞIBAŞI

2. Date of Birth

 : 02.08.1979

3. Title

 : Dr. Öğr. Üyesi

Contact Information

: nigar.carsibasi@uskudar.edu.tr

4. Educational Background

Degree Department University Year
BSc Kimya Mühendisliği Boğaziçi Üniversitesi 2001
MSc Kimya Mühendisliği Boğaziçi Üniversitesi 2003
PhD Kimya Mühendisliği Boğaziçi Üniversitesi 2009

5. Academic Titles

Degree Department University Year
Assistant Professor Kimya Mühendisliği Üsküdar Üniversitesi 2019

6. Supervised Theses

6.1. Master's Theses

  1. Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, Münteha Girgin, 2023.
  2. Kanser tedavisinde Murine Double Minute 2 proteininin inhibasyonu için ligand-bazlı farmakofor modelleme tekniği ile yeni moleküllerin tasarımı, Elif Lokmacı, 2022.

7. Publications

7.1. Papers published in internationally refereed journals (Scopus Indexed)

  1. Canbolat F., Kantarci-Carsibasi N., Isik S., Shamshir S. R. M., Girgin M., Identification of the Candidate mGlu2 Allosteric Modulator THRX-195518 through In Silico Method and Evaluation of Its Neuroprotective Potential against Glutamate-Induced Neurotoxicity in SH-SY5Y Cell Line, Current Issues in Molecular Biology, (2024), (), , .
  2. Girgin M., Kantarci-Carsibasi N., Queuine as a potential multi-target drug for alzheimer’s disease: insights from protein dynamics, Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, (2023), (), 1-22, .
  3. Girgin M., Isik S., Kantarci-Carsibasi N., Proposing novel natural compounds against Alzheimer’s disease targeting acetylcholinesterase, PLOS ONE, (2023), 18(4), 1-23, .
  4. ÇARŞIBAŞI N. K., Elucidation of Conformational Dynamics of MDM2 and Alterations Induced Upon Inhibitor Binding Using Elastic Network Simulations and Molecular Docking, Journal of Computational Biophysics and Chemistry, (2021), 20(7), 751-764, .
  5. Uyar A., Kantarci-Carsibasi N., Haliloglu T., Doruker P., Features of large hing-bending conformational transitions. Prediction of closed structure from open state, Biophysical Journal, (2014), 106(12), 2656-2666, https://doi.org/10.1016/j.bpj.2014.05.017.
  6. Kantarci-Carsibasi N., Haliloglu T., Doruker P., Conformational transition pathways explored by monte carlo simulation integrated with collective modes, Biophysical Journal, (2008), 95(12), 5862-5873, https://doi.org/10.1529/biophysj.107.128447.
  7. Kantarci N., Doruker P., Haliloglu T., Cooperative fluctuations point to the dimerization interface of P53 core domain, Biophysical Journal, (2006), 91(2), 421-432, https://doi.org/10.1529/biophysj.106.077800.
  8. Kantarci N., Ulgen K. O., Borak F., A Study on Hydrodynamics and Heat Transfer in a Bubble Column Reactor with Yeast and Bacterial Cell Suspensions, The Canadian Journal of Chemical Engineering, (2005), 83(4), 764-773, .
  9. Kantarci N., Borak F., Ulgen K. O., Bubble Column Reactors, Process Biochemistry, (2005), 40(7), 2263-2283, https://doi.org/10.1016/j.procbio.2004.10.004.
  10. Kantarci N., Tamerler C., Sarikaya M., Haliloglu T., Doruker P., Molecular Dynamics Simulations on constraint metal binding peptides, Polymer, (2005), 46(12), 4307-4313, https://doi.org/10.1016/j.polymer.2005.03.016.

7.3. Assertions presented in international scientific congresses and published in the proceedings

  1. Çarşıbaşı N., , 7th International Conference on Innovative Studies of Contemporary Sciences, (21.04.2023), Tokyo-Japan
  2. Girgin M., Işık S., Kantarci-Carsibasi N., , 12th International Drug Chemistry Congress, (09.03.2023), Antalya-Türkiye
  3. , , The Sixth International Symposium on Pharmaceutical and Biomedical Sciences (ISPBS-6), (26.05.2022), Gaziantep-Türkiye
  4. Çarşıbaşı N., , 2. Computer-Aided Drug Design Symposium and Workshop-Linking Design, Biology, Chemistry and Medicine, (11.05.2022), İstanbul-Türkiye
  5. Çarşıbaşı N., , 4th International Conference on Biological and Chemical Sciences, (24.11.2021), Ankara-Türkiye
  6. , , 23th International Conference on Drug Discovery, Design, Development and Optimization, (22.03.2021), Dubai-Birleşik Arap Emirlikleri

7.4. International books or chapters

  1. Çarşıbaşı N. K., Natural Source Drug Molecules Targeting Alzheimer’s Disease, (2023), ISBN: 978-625-6971-13-4.
  2. ÇARŞIBAŞI N., COMPUTER AIDED DRUG DESIGN: LINKING SIMULATION WITH MEDICINE, (2022), ISBN: 978-625-8217-81-0.

7.5. Papers published in national peer-reviewed journals

7.6. Assertions presented in national scientific congresses and published in the proceedings

  1. , , 8th multidisciplinary cancer research congress, (16.01.2021), İstanbul-Türkiye

7.7. Other publications

Books published by national publishers

Book chapters published by national publishers

8. Projects

  1. OYMAK M. M., ÇARŞIBAŞI N., Paksoy A. İ., ARSLAN M. B., ŞİMŞEK Ö., BAP projesi, Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları, (Researcher), (Expire date :20.01.2024),
  2. OYMAK M. M., ÇARŞIBAŞI N., ARSLAN M. B., ŞİMŞEK Ö., Paksoy A. İ., BAP projesi, Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları, (Researcher), (Expire date :20.01.2024),
  3. OYMAK M. M., ÇARŞIBAŞI N., Paksoy A. İ., ARSLAN M. B., ŞİMŞEK Ö., BAP projesi, Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları, (Researcher), (Expire date :20.01.2024),
  4. YAYINTAŞ Ö., IŞIK S., ÇARŞIBAŞI N., Diğer ulusal resmi kamu kuruluşlar, yükseköğretim kurumları ve özel kuruluşlar tarafından desteklenen Ar-Ge projeleri, Yeşil Kimya ile Sentezlenen Altın ve Seryum Oksit Nanopartiküllerin Nöroprotektif Etkisinin İn Vivo ve İn Vitro Şartlarda Değerlendirilmesi, (Researcher), (Expire date :01.11.2023),
  5. Yayıntaş P. D. Ö., ÇARŞIBAŞI N., IŞIK S., Canbolat D. Ö. Ü. F., Büyük D. Ö. Ü. B., Eroğlu D. D. H. A., Demir P. D. N., Diğer ulusal resmi kamu kuruluşlar, yükseköğretim kurumları ve özel kuruluşlar tarafından desteklenen Ar-Ge projeleri, Yeşil Kimya ile Sentezlenen Altın ve Seryum Oksit Nanopartiküllerin Nöroprotektif Etkisinin İn Vivo ve İn Vitro Şartlarda Değerlendirilmesi, (Researcher), (Expire date :20.09.2024),
  6. ÇARŞIBAŞI N., IŞIK S., BAP projesi, Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, (Head), (Expire date :01.12.2023),
  7. ÇARŞIBAŞI N., IŞIK S., BAP projesi, Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, (Head), (Expire date :01.12.2023),
  8. Canbolat F., ÇARŞIBAŞI N., IŞIK S., BAP projesi, İn Silico Analiz ile Aday mglu2 Pozitif Allosterik Modülatörün Bulunması ve Nöroprotektif Etkisinin In Vitro Ortamda Değerlendirilmesi, (Researcher), (Expire date :01.04.2023),
  9. Canbolat D. Ö. Ü. F., ÇARŞIBAŞI N., IŞIK S., BAP projesi, In Silico Analiz ile Aday mglu2 Positif Allosterik Modülatörün Bulunması ve Nöroprotektif Etkisinin In Vitro Ortamda Değerlendirilmesi, (Researcher), (Expire date :02.05.2023),

9. Administrative Duties

  1. Bölüm Başkan Yardımcısı / Deputy Head of Department - Kimya-Biyoloji Mühendisliği (İngilizce) Bölüm Başkan Yardımcısı (2021-Continues)
  2. Öğrenci Danışmanlığı / Student Adviser - 81-90 Öğrenci Danışmanlığı (2023-Continues)
  3. Komisyon Üyesi / Member of Commission - Kalite Komisyonu (Enstitü / Fakülte / MYO) (2022-Continues)
  4. Koordinatör / Coordinator - Erasmus Bölüm Koordinatörlüğü (2022-2023)
  5. Komisyon Üyesi / Member of Commission - Eğitim Komisyonu (Enstitü / Fakülte / MYO) (2019-Continues)
  6. Öğrenci Kulübü Danışmanlığı / Head of Student Club - Kimya-Biyoloji Mühendisliği Kulübü (2022-Continues)
  7. Çalışma Grubu Üyelikleri / Research Group Membership - Nörogenetik Çalışma Grubu (2022-Continues)

10. Scientific Memberships

11. Awards

12. Coourses recently given

Academic Year Semester Course name Hours Number of Students
Theoretical Application
2023-2024 Spring  
Fall  
2022-2023 Spring İlaç Tasarımı (Master) - Group 1 3 0 21
Drug Design (Master) - Group 1 3 0 20
General Chemistry II (Undergraduate) - Group 1 3 0 59
Organic Chemistry (Undergraduate) - Group 1 3 0 92
Graduation Thesis (Undergraduate) - Group 1 1 8 17
English II (Undergraduate) - Group 1 3 0 806
Fall Polimer İşleme Süreçleri, Modelleme ve Uygulamaları (Master) - Group 1 3 0 3
Polymer Processing Principles, Applications and Modeling (Master) - Group 1 3 0 3
Stoichiometry (Undergraduate) - Group 1 3 0 67
General Chemistry I (Undergraduate) - Group 2 3 0 131
Mass and Energy Balances (Undergraduate) - Group 1 3 2 62
Graduation Project (Undergraduate) - Group 1 2 2 12

Created: 20.04.2024