ACADEMIC BACKGROUND

1. Name Surname

 : NİGAR ÇARŞIBAŞI

2. Date of Birth

 : 02.08.1979

3. Title

 : Dr. Öğr. Üyesi

Contact Information

: nigar.carsibasi@uskudar.edu.tr

4. Educational Background

Degree Department University Year
BSc Kimya Mühendisliği Boğaziçi Üniversitesi 2001
MSc Kimya Mühendisliği Boğaziçi Üniversitesi 2003
PhD Kimya Mühendisliği Boğaziçi Üniversitesi 2009

5. Academic Titles

Degree Department University Year
Assistant Professor Kimya Mühendisliği Üsküdar Üniversitesi 2019
Research Assistant Kimya Mühendisliği Boğaziçi Üniversitesi 2003

6. Supervised Theses

6.1. Master's Theses

  1. Nutrasötik moleküllerin pankreas kanserindeki etkinliklerinin in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, Nurşah Dilan Fidan, 2024.
  2. Investigation of the effect of temperature and electrolytic properties on heat transfer and conductivity in aqueous salt solutions, Jana Masalmah, 2024.
  3. Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, Münteha Girgin, 2023.
  4. Kanser tedavisinde Murine Double Minute 2 proteininin inhibasyonu için ligand-bazlı farmakofor modelleme tekniği ile yeni moleküllerin tasarımı, Elif Lokmacı, 2022.

7. Publications

7.1. Papers published in internationally refereed journals (Scopus Indexed)

  1. Kantarci-Carsibasi N., Girgin M., Fidan N. D., Bal T., Tarbiat S., In silico screening and in vitro biological evaluation reveal Queuine as a promising MAP4K4 inhibitor for treating pancreatic cancer, BMC Biotechnology, (2025), 25(103), 1-19, .
  2. Çarşıbaşı N., Masalmah J., Şimşek Ö., Investigation of the Heat Transfer Characteristics and Electrical Conductivities of NaCl, KCl, and NaNO3 Solutions, Advances in Technology Innovation, (2025), 10(2), 143-156, .
  3. Girgin M., Tarbiat S., Işık S., Kantarcı-carsıbası N., Competitive Inhibition and Synergistic Effects of Nutraceutical and Metabolite Molecules on Anti-Acetylcholinesterase Activity, Journal of the Turkish Chemical Society Section A: Chemistry, (2024), 11(2), 575-584, .
  4. Canbolat F., Kantarci-Carsibasi N., Isik S., Shamshir S. R. M., Girgin M., Identification of the Candidate mGlu2 Allosteric Modulator THRX-195518 through In Silico Method and Evaluation of Its Neuroprotective Potential against Glutamate-Induced Neurotoxicity in SH-SY5Y Cell Line, Current Issues in Molecular Biology, (2024), (), , .
  5. Girgin M., Kantarci-Carsibasi N., Queuine as a potential multi-target drug for alzheimer’s disease: insights from protein dynamics, Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, (2023), (), 1-22, .
  6. Girgin M., Isik S., Kantarci-Carsibasi N., Proposing novel natural compounds against Alzheimer’s disease targeting acetylcholinesterase, PLOS ONE, (2023), 18(4), 1-23, .
  7. ÇARŞIBAŞI N. K., Elucidation of Conformational Dynamics of MDM2 and Alterations Induced Upon Inhibitor Binding Using Elastic Network Simulations and Molecular Docking, Journal of Computational Biophysics and Chemistry, (2021), 20(7), 751-764, .
  8. Uyar A., Kantarci-Carsibasi N., Haliloglu T., Doruker P., Features of large hing-bending conformational transitions. Prediction of closed structure from open state, Biophysical Journal, (2014), 106(12), 2656-2666, https://doi.org/10.1016/j.bpj.2014.05.017.
  9. Kantarci-Carsibasi N., Haliloglu T., Doruker P., Conformational transition pathways explored by monte carlo simulation integrated with collective modes, Biophysical Journal, (2008), 95(12), 5862-5873, https://doi.org/10.1529/biophysj.107.128447.
  10. Kantarci N., Doruker P., Haliloglu T., Cooperative fluctuations point to the dimerization interface of P53 core domain, Biophysical Journal, (2006), 91(2), 421-432, https://doi.org/10.1529/biophysj.106.077800.
  11. Kantarci N., Ulgen K. O., Borak F., A Study on Hydrodynamics and Heat Transfer in a Bubble Column Reactor with Yeast and Bacterial Cell Suspensions, The Canadian Journal of Chemical Engineering, (2005), 83(4), 764-773, .
  12. Kantarci N., Borak F., Ulgen K. O., Bubble Column Reactors, Process Biochemistry, (2005), 40(7), 2263-2283, https://doi.org/10.1016/j.procbio.2004.10.004.
  13. Kantarci N., Tamerler C., Sarikaya M., Haliloglu T., Doruker P., Molecular Dynamics Simulations on constraint metal binding peptides, Polymer, (2005), 46(12), 4307-4313, https://doi.org/10.1016/j.polymer.2005.03.016.

7.2. Papers published in other internationally peer-reviewed journals

  1. Kantarci-Carsibasi N., Girgin M., Dual role of natural molecules in bridging cancer and Alzheimer’s disease: insights from in silico simulations, The European Chemistry and Biotechnology Journal, (2024), 3(), 32-46, .

7.3. Assertions presented in international scientific congresses and published in the proceedings

  1. Anjrini N., Bal T., Çarşıbaşı N., DRUG REPOSITIONING FOR ALZHEIMER'S DISEASE AND GLIOBLASTOMA TREATMENT, DEU FBE 3rd INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON GRADUATE RESEARCH-2024, (26.12.2024), İzmir, Türkiye (çevrimiçi)
  2. Masalmah J., Şimşek Ö., Kantarcı-Çarşıbaşı N., Investigation of the heat transfer characteristics and electrical conductivities of NaCl, KCl, and NaNO3 solutions, 5th International Eurasian Conference on Science, Engineering and Technology (EurasianSciEnTech 2024), (26.06.2024), Ankara
  3. Fidan N. D., Girgin M., Bal T., Kantarcı-Çarşıbaşı N., Discovery and biological evaluation of potential Map4k4 inhibitors for the treatment of pancreatic cancer, 5th International Eurasian Conference on Science, Engineering and Technology (EurasianSciEnTech 2024), (26.06.2024), Ankara-Türkiye
  4. Girgin M., Tarbiat S., Işık S., Kantarci-Carsibasi N., Queuine as a potential multi-target drug for Alzheimer’s Disease, 12.Uluslararası İlaç Kimyası kongresi, (07.03.2024), Antalya-Türkiye
  5. Çarşıbaşı N., INVESTIGATION OF NOVEL NATURAL COMPOUNDS AGAINST ALZHEIMER’S DISEASE TARGETING ACETYLCHOLINESTERASE, 7th International Conference on Innovative Studies of Contemporary Sciences, (21.04.2023), Tokyo-Japan
  6. Girgin M., Işık S., Kantarci-Carsibasi N., Proposing novel natural compounds against Alzheimer’s Disease targeting acetylcholinesterase, 11th International Drug Chemistry Congress, (07.03.2023), Antalya-Türkiye
  7. , TOWARDS MORE POTENT ANTICANCER DRUGS: PHARMACOPHORE MODEL ACCOMPANIED BY CONFORMATIONAL DYNAMICS REVEALS NEW P53 ACTIVATORS, The Sixth International Symposium on Pharmaceutical and Biomedical Sciences (ISPBS-6), (26.05.2022), Gaziantep-Türkiye
  8. Çarşıbaşı N., Pharmacophore Model Accompanied by Conformational Dynamics Reveals New Anti-cancer Drugs, 2. Computer-Aided Drug Design Symposium and Workshop-Linking Design, Biology, Chemistry and Medicine, (11.05.2022), İstanbul-Türkiye
  9. Çarşıbaşı N., Identification of natural molecules for anticancer activity against MDM2 using conformational dynamics and molecular docking, 4th International Conference on Biological and Chemical Sciences, (24.11.2021), Ankara-Türkiye
  10. , Elucidation of Dynamics of MDM2 Shed Light on the Anti-cancer Drug Development, 23th International Conference on Drug Discovery, Design, Development and Optimization, (22.03.2021), Dubai-Birleşik Arap Emirlikleri

7.4. International books or chapters

  1. Çarşıbaşı N. K., Natural Source Drug Molecules Targeting Alzheimer’s Disease, (2023), ISBN: 978-625-6971-13-4.
  2. ÇARŞIBAŞI N., COMPUTER AIDED DRUG DESIGN: LINKING SIMULATION WITH MEDICINE, (2022), ISBN: 978-625-8217-81-0.

7.5. Papers published in national peer-reviewed journals

7.6. Assertions presented in national scientific congresses and published in the proceedings

  1. , Global Dynamics of MDM2 and Alterations Caused by Inhibitor Binding: an Elastic Network Model Approach, 8th multidisciplinary cancer research congress, (16.01.2021), İstanbul-Türkiye

7.7. Other publications

Books published by national publishers

Book chapters published by national publishers

8. Projects

  1. ERCAN P. D. E., ÇARŞIBAŞI N., YAYINTAŞ P. D. Ö., ÖZATİK P. D. O., SAYGILI D. S. K., BAP projesi, Ağız Kanserinde Apigenin/Vitexin Kombinasyonunun Sitotoksik Etkinliğinin Araştırılması, (Researcher), (Expire date :27.05.2026),
  2. Yayıntaş P. D. Ö., ÇARŞIBAŞI N., ERCAN P. D. E., ÖZATİK P. D. O., SAYGILI D. S. K., BAP projesi, Ağız Kanserinde Apigenin/Vitexin Kombinasyonunun Karsinogenez Mekanizmaları Üzerine Etkisinin Araştırılması, (Researcher), (Expire date :27.05.2026),
  3. öğrencisi) Z. S. (. l., ÇARŞIBAŞI N., Sanayi A. İ., TÜBİTAK, Nutrasötik Quein molekülü için etkinliğini artırmaya yönelik in siliko formülasyon geliştirilmesi ve optimizasyonu., (Consultant), (Expire date :08.05.2026),
  4. öğrencisi) A. A. (. l., ÇARŞIBAŞI N., TÜBİTAK, Farklı LABSA ve SLES parametrelerine sahip deterjanların kemik dokudan DNA İzolasyonuna etkisinin araştırılması, (Consultant), (Expire date :08.05.2026),
  5. öğrencisi) M. E. (. l., ÇARŞIBAŞI N., TÜBİTAK, Farklı boyutlardaki çinko oksit (ZnO) nanoparçacıklarının güneş koruyucu etkisinin UVA/UVB parametre değerleri ile araştırılması, (Consultant), (Expire date :08.05.2026),
  6. öğrencisi) İ. G. (. l., ÇARŞIBAŞI N., TÜBİTAK, Histamin H4 reseptörünün inhibisyonunu sağlayacak doğal kaynaklı potansiyel antihistaminik moleküllerin in siliko keşfi ve in vitro kimyasal validasyonu, (Consultant), (Expire date :08.05.2026),
  7. ÇARŞIBAŞI N., Girgin M., TARHAN K. N., Ece A., BAP projesi, Insiliko yöntemler ile hedefe yönelik ilaç keşfi, tasarımı ve optimizasyonu, (Head), (Expire date :22.11.2027),
  8. OYMAK M. M., Paksoy A. İ., ARSLAN M. B., ÇARŞIBAŞI N., ŞİMŞEK Ö., BAP projesi, Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları, (Researcher), (Expire date :30.10.2024),
  9. OYMAK M. M., ÇARŞIBAŞI N., ARSLAN M. B., ŞİMŞEK Ö., Paksoy A. İ., BAP projesi, Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları, (Researcher), (Expire date :20.01.2024),
  10. OYMAK M. M., ÇARŞIBAŞI N., Paksoy A. İ., ARSLAN M. B., ŞİMŞEK Ö., BAP projesi, Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları, (Researcher), (Expire date :20.01.2024),
  11. YAYINTAŞ Ö., IŞIK S., ÇARŞIBAŞI N., Diğer Ulusal Kamu Kuruluşları , Yeşil Kimya ile Sentezlenen Altın ve Seryum Oksit Nanopartiküllerin Nöroprotektif Etkisinin İn Vivo ve İn Vitro Şartlarda Değerlendirilmesi, (Researcher), (Expire date :01.11.2025),
  12. Yayıntaş P. D. Ö., ÇARŞIBAŞI N., IŞIK S., Canbolat D. Ö. Ü. F., Büyük D. Ö. Ü. B., Eroğlu D. D. H. A., Demir P. D. N., Diğer Ulusal Kamu Kuruluşları , Yeşil Kimya ile Sentezlenen Altın ve Seryum Oksit Nanopartiküllerin Nöroprotektif Etkisinin İn Vivo ve İn Vitro Şartlarda Değerlendirilmesi, (Researcher), (Expire date :20.09.2025),
  13. ÇARŞIBAŞI N., IŞIK S., BAP projesi, Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, (Head), (Expire date :01.12.2023),
  14. ÇARŞIBAŞI N., IŞIK S., BAP projesi, Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, (Head), (Expire date :01.12.2023),
  15. Canbolat F., ÇARŞIBAŞI N., IŞIK S., BAP projesi, İn Silico Analiz ile Aday mglu2 Pozitif Allosterik Modülatörün Bulunması ve Nöroprotektif Etkisinin In Vitro Ortamda Değerlendirilmesi, (Researcher), (Expire date :01.04.2023),
  16. Canbolat D. Ö. Ü. F., ÇARŞIBAŞI N., IŞIK S., BAP projesi, In Silico Analiz ile Aday mglu2 Positif Allosterik Modülatörün Bulunması ve Nöroprotektif Etkisinin In Vitro Ortamda Değerlendirilmesi, (Researcher), (Expire date :02.05.2023),
  17. ÇARŞIBAŞI N., Yayıntaş P. D. Ö., ERCAN P. D. E., ÖZATİK P. D. O., SAYGILI D. S. K., BAP projesi, Ağız Kanserinde Apigenin/Vitexin Kombinasyonunun Karsinogenez Mekanizmaları Üzerine Etkisinin Araştırılması, Araştırmacı, (Tamamlanma Tarihi :20.05.2026),

9. Administrative Duties

  1. Ana Bilim Başkanı / Head of Department - Biyoinformatik (2024-Continues)
  2. Laboratuvar - Laboratuvar Sorumlusu (2025-Continues)
  3. Öğrenci Danışmanlığı / Student Adviser - 100 -150 Öğrenci Danışmanlığı (2025-Continues)
  4. Bölüm Başkan Yardımcısı / Deputy Head of Department - Kimya-Biyoloji Mühendisliği (İngilizce) Bölüm Başkan Yardımcısı (2021-Continues)
  5. Komisyon Üyesi / Member of Commission - Kalite Komisyonu (Enstitü / Fakülte / MYO) (2022-Continues)
  6. Koordinatör / Coordinator - Erasmus Bölüm Koordinatörlüğü (2022-2023)
  7. Komisyon Üyesi / Member of Commission - Eğitim Komisyonu (Enstitü / Fakülte / MYO) (2019-Continues)
  8. Öğrenci Kulübü Danışmanlığı / Head of Student Club - Kimya-Biyoloji Mühendisliği Kulübü (2022-Continues)
  9. Çalışma Grubu Üyelikleri / Research Group Membership - Nörogenetik Çalışma Grubu (2022-Continues)

10. Scientific Memberships

11. Awards

12. Coourses recently given

Academic Year Semester Course name Hours Number of Students
Theoretical Application
2024-2025 Spring Modelleme ve Simülasyon (Master) - Group 1 3 0 7
Polymer Processing Principles, Applications and Modeling (Master) - Group 1 3 0 12
General Chemistry II (Undergraduate) - Group 1 3 0 77
Graduation Thesis (Undergraduate) - Group 1 1 8 12
Fall Drug Design (Master) - Group 1 3 0 6
General Chemistry I (Undergraduate) - Group 1 3 0 75
Mass and Energy Balances (Undergraduate) - Group 1 3 2 60
Graduation Project (Undergraduate) - Group 1 2 2 11
Stoichiometry (Undergraduate) - Group 1 3 0 53

Created: 26.10.2025