ÖZGEÇMİŞ

1. Adı Soyadı

 : NİGAR ÇARŞIBAŞI

2. Doğum Tarihi

 : 02.08.1979

3. Unvanı

 : Dr. Öğr. Üyesi

Yabancı Dil Bilgisi

Sınav Türü Puan Sınav Tarihi
YDS 80 12.12.2018
YÖKDİL 96 29.08.2021

İletişim Bilgileri

: nigar.carsibasi@uskudar.edu.tr

4. Öğrenim Durumu

Derece Alan Üniversite Yıl
Lisans Kimya Mühendisliği Boğaziçi Üniversitesi 2001
Yüksek Lisans Kimya Mühendisliği Boğaziçi Üniversitesi 2003
Doktora Kimya Mühendisliği Boğaziçi Üniversitesi 2009

5. Akademik Unvanlar

Derece Alan Üniversite Yıl
Dr. Öğretim Üyesi Kimya Mühendisliği Üsküdar Üniversitesi 2019
Araştırma Görevlisi Kimya Mühendisliği Boğaziçi Üniversitesi 2003

6. Yönetilen Yüksek Lisans ve Doktora Tezleri

6.1. Yüksek Lisans Tezleri

  1. Nutrasötik moleküllerin pankreas kanserindeki etkinliklerinin in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, Nurşah Dilan Fidan, 2024.
  2. Investigation of the effect of temperature and electrolytic properties on heat transfer and conductivity in aqueous salt solutions, Jana Masalmah, 2024.
  3. Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, Münteha Girgin, 2023.
  4. Kanser tedavisinde Murine Double Minute 2 proteininin inhibasyonu için ligand-bazlı farmakofor modelleme tekniği ile yeni moleküllerin tasarımı, Elif Lokmacı, 2022.

7. Yayınlar

7.1. Uluslararası hakemli dergilerde yayınlanan makaleler (SCI & SSCI & Arts and Humanities)

  1. Çarşibaşi S. T. N., Dual inhibitory potential of N-methylcytisine against GSK-3β and AChE: implications for Alzheimer’s disease treatment, Open Life Sciences, (2026), (), , .
  2. Albayrak A., Girgin M., Kantarci-Carsibasi N., Parin U., Parin F. N., Photopolymerization of sustainable HEMA-citronellol copolymer hydrogels: in silico evaluation, physicochemical properties, and antibacterial performance, Journal of Polymer Research, (2026), 33(8), , .
  3. Sarioglu Y., Kaya D. S., Kantarci-Carsibasi N., Kul A., Marakli S., Catal T., Coupling dalapon biodegradation with electricity generation in microbial fuel cells, Bioresource Technology, (2026), (), , .
  4. Kantarci-Carsibasi N., Discovering Queuine from shape to property: insights from DFT calculations and MD simulations, Molecular Simulation, (2025), (), , .
  5. Kantarci-Carsibasi N., Girgin M., Fidan N. D., Bal T., Tarbiat S., In silico screening and in vitro biological evaluation reveal Queuine as a promising MAP4K4 inhibitor for treating pancreatic cancer, BMC Biotechnology, (2025), 25(103), 1-19, .
  6. Çarşıbaşı N., Masalmah J., Şimşek Ö., Investigation of the Heat Transfer Characteristics and Electrical Conductivities of NaCl, KCl, and NaNO3 Solutions, Advances in Technology Innovation, (2025), 10(2), 143-156, .
  7. Girgin M., Tarbiat S., Işık S., Kantarcı-carsıbası N., Competitive Inhibition and Synergistic Effects of Nutraceutical and Metabolite Molecules on Anti-Acetylcholinesterase Activity, Journal of the Turkish Chemical Society Section A: Chemistry, (2024), 11(2), 575-584, .
  8. Canbolat F., Kantarci-Carsibasi N., Isik S., Shamshir S. R. M., Girgin M., Identification of the Candidate mGlu2 Allosteric Modulator THRX-195518 through In Silico Method and Evaluation of Its Neuroprotective Potential against Glutamate-Induced Neurotoxicity in SH-SY5Y Cell Line, Current Issues in Molecular Biology, (2024), (), , .
  9. Girgin M., Kantarci-Carsibasi N., Queuine as a potential multi-target drug for alzheimer’s disease: insights from protein dynamics, Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, (2023), (), 1-22, .
  10. Girgin M., Isik S., Kantarci-Carsibasi N., Proposing novel natural compounds against Alzheimer’s disease targeting acetylcholinesterase, PLOS ONE, (2023), 18(4), 1-23, .
  11. ÇARŞIBAŞI N. K., Elucidation of Conformational Dynamics of MDM2 and Alterations Induced Upon Inhibitor Binding Using Elastic Network Simulations and Molecular Docking, Journal of Computational Biophysics and Chemistry, (2021), 20(7), 751-764, .
  12. Uyar A., Kantarci-Carsibasi N., Haliloglu T., Doruker P., Features of large hing-bending conformational transitions. Prediction of closed structure from open state, Biophysical Journal, (2014), 106(12), 2656-2666, https://doi.org/10.1016/j.bpj.2014.05.017.
  13. Kantarci-Carsibasi N., Haliloglu T., Doruker P., Conformational transition pathways explored by monte carlo simulation integrated with collective modes, Biophysical Journal, (2008), 95(12), 5862-5873, https://doi.org/10.1529/biophysj.107.128447.
  14. Kantarci N., Doruker P., Haliloglu T., Cooperative fluctuations point to the dimerization interface of P53 core domain, Biophysical Journal, (2006), 91(2), 421-432, https://doi.org/10.1529/biophysj.106.077800.
  15. Kantarci N., Ulgen K. O., Borak F., A Study on Hydrodynamics and Heat Transfer in a Bubble Column Reactor with Yeast and Bacterial Cell Suspensions, The Canadian Journal of Chemical Engineering, (2005), 83(4), 764-773, .
  16. Kantarci N., Borak F., Ulgen K. O., Bubble Column Reactors, Process Biochemistry, (2005), 40(7), 2263-2283, https://doi.org/10.1016/j.procbio.2004.10.004.
  17. Kantarci N., Tamerler C., Sarikaya M., Haliloglu T., Doruker P., Molecular Dynamics Simulations on constraint metal binding peptides, Polymer, (2005), 46(12), 4307-4313, https://doi.org/10.1016/j.polymer.2005.03.016.

7.2. Uluslararası diğer hakemli dergilerde yayınlanan makaleler

  1. Tarbiat S., Yurdakul T., Kantarcı-Çarşıbaşı N., Işık S., Güven N., In Vitro and In Silico Evaluation of Essential Oil from Apium graveolens L. Leaves: Inhibition of Amyloid-β Aggregation, Cholinesterase Activity, and Inflammation-Related Targets in Alzheimer’s Disease, Turkish Journal of Agricultural and Natural Sciences, (2026), (), , .
  2. Kantarci-Carsibasi N., Girgin M., Dual role of natural molecules in bridging cancer and Alzheimer’s disease: insights from in silico simulations, The European Chemistry and Biotechnology Journal, (2024), 3(), 32-46, .
  3. ÇARŞIBAŞI N., Konformasyonel Dinamik Yönlendirmeli Farmakofor Modelleme ile Güçlü Antikanser Ajanlarının Belirlenmesi, Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, (2022), 27(1), 51-63, .

7.3. Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında (Proceeding) basılan bildiriler

  1. Anjrini N., Bal T., Çarşıbaşı N., DRUG REPOSITIONING FOR ALZHEIMER'S DISEASE AND GLIOBLASTOMA TREATMENT, DEU FBE 3rd INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON GRADUATE RESEARCH-2024, (26.12.2024), İzmir, Türkiye (çevrimiçi)
  2. Masalmah J., Şimşek Ö., Kantarcı-Çarşıbaşı N., Investigation of the heat transfer characteristics and electrical conductivities of NaCl, KCl, and NaNO3 solutions, 5th International Eurasian Conference on Science, Engineering and Technology (EurasianSciEnTech 2024), (26.06.2024), Ankara
  3. Fidan N. D., Girgin M., Bal T., Kantarcı-Çarşıbaşı N., Discovery and biological evaluation of potential Map4k4 inhibitors for the treatment of pancreatic cancer, 5th International Eurasian Conference on Science, Engineering and Technology (EurasianSciEnTech 2024), (26.06.2024), Ankara-Türkiye
  4. Girgin M., Tarbiat S., Işık S., Kantarci-Carsibasi N., Queuine as a potential multi-target drug for Alzheimer’s Disease, 12.Uluslararası İlaç Kimyası kongresi, (07.03.2024), Antalya-Türkiye
  5. Çarşıbaşı N., INVESTIGATION OF NOVEL NATURAL COMPOUNDS AGAINST ALZHEIMER’S DISEASE TARGETING ACETYLCHOLINESTERASE, 7th International Conference on Innovative Studies of Contemporary Sciences, (21.04.2023), Tokyo-Japan
  6. Girgin M., Işık S., Kantarci-Carsibasi N., Proposing novel natural compounds against Alzheimer’s Disease targeting acetylcholinesterase, 11th International Drug Chemistry Congress, (07.03.2023), Antalya-Türkiye
  7. , TOWARDS MORE POTENT ANTICANCER DRUGS: PHARMACOPHORE MODEL ACCOMPANIED BY CONFORMATIONAL DYNAMICS REVEALS NEW P53 ACTIVATORS, The Sixth International Symposium on Pharmaceutical and Biomedical Sciences (ISPBS-6), (26.05.2022), Gaziantep-Türkiye
  8. Çarşıbaşı N., Pharmacophore Model Accompanied by Conformational Dynamics Reveals New Anti-cancer Drugs, 2. Computer-Aided Drug Design Symposium and Workshop-Linking Design, Biology, Chemistry and Medicine, (11.05.2022), İstanbul-Türkiye
  9. Çarşıbaşı N., Identification of natural molecules for anticancer activity against MDM2 using conformational dynamics and molecular docking, 4th International Conference on Biological and Chemical Sciences, (24.11.2021), Ankara-Türkiye
  10. , Elucidation of Dynamics of MDM2 Shed Light on the Anti-cancer Drug Development, 23th International Conference on Drug Discovery, Design, Development and Optimization, (22.03.2021), Dubai-Birleşik Arap Emirlikleri

7.4. Yazılan Uluslararası kitaplar veya kitaplarda bölümler

  1. Çarşıbaşı N. K., Natural Source Drug Molecules Targeting Alzheimer’s Disease, (2023), ISBN: 978-625-6971-13-4.
  2. ÇARŞIBAŞI N., COMPUTER AIDED DRUG DESIGN: LINKING SIMULATION WITH MEDICINE, (2022), ISBN: 978-625-8217-81-0.

7.5. Ulusal hakemli dergilerde yayınlanan makaleler

7.6. Ulusal bilimsel toplantılarda sunulan bildiri kitabında basılan bildiriler

  1. , Global Dynamics of MDM2 and Alterations Caused by Inhibitor Binding: an Elastic Network Model Approach, 8th multidisciplinary cancer research congress, (16.01.2021), İstanbul-Türkiye

7.7. Yazılan Ulusal kitaplar veya kitaplarda bölümler

Ulusal yayınevi tarafından basılmış kitap

Ulusal yayınevi tarafından basılmış kitap bölümü

8. Projeler

  1. Yıldırım P. D. K., ÇARŞIBAŞI N., Oral P. R. A., Parın D. D. F., Yıldız D. D. D., Pekel D. D. N. B., Ersal D. M., Sivrikaya D. B., Gebeş F., TÜBİTAK, Uyutan İplik (Sleeping Yarn), (Araştırmacı), (Tamamlanma Tarihi :14.01.2028),
  2. ERCAN P. D. E., ÇARŞIBAŞI N., YAYINTAŞ P. D. Ö., ÖZATİK P. D. O., SAYGILI D. S. K., BAP projesi, Ağız Kanserinde Apigenin/Vitexin Kombinasyonunun Sitotoksik Etkinliğinin Araştırılması, (Araştırmacı), (Tamamlanma Tarihi :27.05.2026),
  3. Yayıntaş P. D. Ö., ÇARŞIBAŞI N., ERCAN P. D. E., ÖZATİK P. D. O., SAYGILI D. S. K., BAP projesi, Ağız Kanserinde Apigenin/Vitexin Kombinasyonunun Karsinogenez Mekanizmaları Üzerine Etkisinin Araştırılması, (Araştırmacı), (Tamamlanma Tarihi :27.05.2026),
  4. öğrencisi) Z. S. (. l., ÇARŞIBAŞI N., Sanayi A. İ., TÜBİTAK, Nutrasötik Quein molekülü için etkinliğini artırmaya yönelik in siliko formülasyon geliştirilmesi ve optimizasyonu., (Danışman), (Tamamlanma Tarihi :08.05.2026),
  5. öğrencisi) A. A. (. l., ÇARŞIBAŞI N., TÜBİTAK, Farklı LABSA ve SLES parametrelerine sahip deterjanların kemik dokudan DNA İzolasyonuna etkisinin araştırılması, (Danışman), (Tamamlanma Tarihi :08.05.2026),
  6. öğrencisi) M. E. (. l., ÇARŞIBAŞI N., TÜBİTAK, Farklı boyutlardaki çinko oksit (ZnO) nanoparçacıklarının güneş koruyucu etkisinin UVA/UVB parametre değerleri ile araştırılması, (Danışman), (Tamamlanma Tarihi :08.05.2026),
  7. öğrencisi) İ. G. (. l., ÇARŞIBAŞI N., TÜBİTAK, Histamin H4 reseptörünün inhibisyonunu sağlayacak doğal kaynaklı potansiyel antihistaminik moleküllerin in siliko keşfi ve in vitro kimyasal validasyonu, (Danışman), (Tamamlanma Tarihi :08.05.2026),
  8. ÇARŞIBAŞI N., Girgin M., TARHAN K. N., Ece A., BAP projesi, Insiliko yöntemler ile hedefe yönelik ilaç keşfi, tasarımı ve optimizasyonu, (Yürütücü), (Tamamlanma Tarihi :22.11.2027),
  9. OYMAK M. M., ÇARŞIBAŞI N., Paksoy A. İ., ARSLAN M. B., ŞİMŞEK Ö., BAP projesi, Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları, (Araştırmacı), (Tamamlanma Tarihi :20.01.2024),
  10. YAYINTAŞ Ö., IŞIK S., ÇARŞIBAŞI N., Diğer Ulusal Kamu Kuruluşları , Yeşil Kimya ile Sentezlenen Altın ve Seryum Oksit Nanopartiküllerin Nöroprotektif Etkisinin İn Vivo ve İn Vitro Şartlarda Değerlendirilmesi, (Araştırmacı), (Tamamlanma Tarihi :01.11.2025),
  11. Yayıntaş P. D. Ö., ÇARŞIBAŞI N., IŞIK S., Canbolat D. Ö. Ü. F., Büyük D. Ö. Ü. B., Eroğlu D. D. H. A., Demir P. D. N., Diğer Ulusal Kamu Kuruluşları , Yeşil Kimya ile Sentezlenen Altın ve Seryum Oksit Nanopartiküllerin Nöroprotektif Etkisinin İn Vivo ve İn Vitro Şartlarda Değerlendirilmesi, (Araştırmacı), (Tamamlanma Tarihi :20.09.2025),
  12. ÇARŞIBAŞI N., IŞIK S., BAP projesi, Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, (Yürütücü), (Tamamlanma Tarihi :01.12.2023),
  13. ÇARŞIBAŞI N., IŞIK S., BAP projesi, Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, (Yürütücü), (Tamamlanma Tarihi :01.12.2023),
  14. Canbolat F., ÇARŞIBAŞI N., IŞIK S., BAP projesi, İn Silico Analiz ile Aday mglu2 Pozitif Allosterik Modülatörün Bulunması ve Nöroprotektif Etkisinin In Vitro Ortamda Değerlendirilmesi, (Araştırmacı), (Tamamlanma Tarihi :01.04.2023),
  15. Canbolat D. Ö. Ü. F., ÇARŞIBAŞI N., IŞIK S., BAP projesi, In Silico Analiz ile Aday mglu2 Positif Allosterik Modülatörün Bulunması ve Nöroprotektif Etkisinin In Vitro Ortamda Değerlendirilmesi, (Araştırmacı), (Tamamlanma Tarihi :02.05.2023),
  16. ÇARŞIBAŞI N., Yayıntaş P. D. Ö., ERCAN P. D. E., ÖZATİK P. D. O., SAYGILI D. S. K., BAP projesi, Ağız Kanserinde Apigenin/Vitexin Kombinasyonunun Karsinogenez Mekanizmaları Üzerine Etkisinin Araştırılması, Araştırmacı, (Tamamlanma Tarihi :20.05.2026),

9. İdari Görevler

  1. Ana Bilim Başkanı / Head of Department - Biyoinformatik (2024-Devam Ediyor)
  2. Laboratuvar - Laboratuvar Sorumlusu (2025-Devam Ediyor)
  3. Öğrenci Danışmanlığı / Student Adviser - 100 -150 Öğrenci Danışmanlığı (2025-Devam Ediyor)
  4. Bölüm Başkan Yardımcısı / Deputy Head of Department - Kimya-Biyoloji Mühendisliği (İngilizce) Bölüm Başkan Yardımcısı (2021-Devam Ediyor)
  5. Komisyon Üyesi / Member of Commission - Kalite Komisyonu (Enstitü / Fakülte / MYO) (2022-Devam Ediyor)
  6. Koordinatör / Coordinator - Erasmus Bölüm Koordinatörlüğü (2022-2023)
  7. Komisyon Üyesi / Member of Commission - Eğitim Komisyonu (Enstitü / Fakülte / MYO) (2019-Devam Ediyor)
  8. Öğrenci Kulübü Danışmanlığı / Head of Student Club - Kimya-Biyoloji Mühendisliği Kulübü (2022-Devam Ediyor)
  9. Çalışma Grubu Üyelikleri / Research Group Membership - Nörogenetik Çalışma Grubu (2022-Devam Ediyor)

10.Bilimsel Kuruluşlara Üyelikleri

11.Ödüller

12. Son iki yılda verdiği lisans ve lisansüstü düzeyindeki dersler

Akademik Yıl Dönem Dersin Adı Haftalık Saati Öğrenci Sayısı
Teorik Uygulama
2025-2026 Bahar Modelleme ve Simülasyon (Yüksek Lisans) - 1 Grup 3 0 16
Polymer Processing Principles, Applications and Modeling (Yüksek Lisans) - 1 Grup 3 0 11
General Chemistry II (Lisans) - 1 Grup 3 0 56
Graduation Thesis (Lisans) - 1 Grup 1 8 5
Güz Biyoinformatikte Özel Konular (Yüksek Lisans) - 1 Grup 3 0 10
Drug Design (Yüksek Lisans) - 1 Grup 3 0 13
Mass and Energy Balances (Lisans) - 1 Grup 3 2 82
2024-2025 Bahar Modelleme ve Simülasyon (Yüksek Lisans) - 1 Grup 3 0 7
Polymer Processing Principles, Applications and Modeling (Yüksek Lisans) - 1 Grup 3 0 12
General Chemistry II (Lisans) - 1 Grup 3 0 77
Graduation Thesis (Lisans) - 1 Grup 1 8 12
Güz Drug Design (Yüksek Lisans) - 1 Grup 3 0 6
General Chemistry I (Lisans) - 1 Grup 3 0 75
Mass and Energy Balances (Lisans) - 1 Grup 3 2 60
Graduation Project (Lisans) - 1 Grup 2 2 11
Stoichiometry (Lisans) - 1 Grup 3 0 53

Oluşturulma Tarihi: 11.09.2026