ACADEMIC BACKGROUND

1. Name Surname

 : Ebru ÖZKAN OKTAY

2. Date of Birth

 :

3. Title

 : Dr. Öğr. Üyesi

Contact Information

: ebru.ozkanoktay@uskudar.edu.tr

4. Educational Background

Degree Department University Year
BSc Biyoloji Trakya Üniversitesi 2007
MSc Biyoloji Trakya Üniversitesi 2010
PhD Biyomühendislik Yıldız Teknik Üniversitesi 2014

5. Academic Titles

Degree Department University Year

6. Supervised Theses

6.1. Master's Theses

  1. SLC2A1 GENİNDEKİ TEK NUKLEOTİD POLİMORFİZMLERİNİN IN SİLİCO ANALİZİ, Esin Can, 2025.
  2. AKÇAAĞAÇ ŞURUBU İDRAR HASTALIĞI (MSUD) İLE İLİŞKİLENDİRİLEN BCKDHA VE BCKDHB GENLERİNDEKİ TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİNİN IN SILICO ANALİZİ, Keziban Çördükçü, 2023.
  3. B HÜCRELİ AKUT LENFOBLASTİK LÖSEMİ (B-ALL) ile İLİŞKİLİ PAX5 ve CRLF2 GENLERİNDEKİ SNP’LERİN OLASI ETKİLERİNİN BİYOİNFORMATİK ANALİZİ, Yonca Öztürk, 2023.
  4. BİYOİNFORMATİK ARAÇLAR KULLANILARAK EPİLEPSİ HASTALIĞI İLE İLİŞKİLENDİRİLEN EPM2A VE NHLRC1(EPM2B) GENLERİNDEKİ SNP’LERİN DEĞERLENDİRİLMESİ, Gülsüm Güler, 2022.
  5. GLİOMA HASTALIĞI İLE İLİŞKİLİ BAZI GENLERDEKİ TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİNİN BİYOİNFORMATİK ANALİZİ, Cansu Aydın, 2021.
  6. OTİZM SPEKTRUM BOZUKLUĞU İLE İLGİLİ BAZI GENLERDEKİ SNP’LERİN BİYOİNFORMATİK ANALİZİ, KÜBRA ÇORUH KINALI, 2021.
  7. İN SİLİKO ARAÇLAR KULLANILARAK ALZHEİMER HASTALIĞI ile İLİŞKİLİ BAZI GENLERDEKİ SNP’LERİN DEĞERLENDİRİLMESİ, NUR DEMİRCİ, 2021.
  8. PTK2 GENİNDEKİ TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİNİN İN SİLİCO ANALİZİ, Birol Turan, 2021.

7. Publications

7.1. Papers published in internationally refereed journals (Scopus Indexed)

  1. Kınalı K. Ç., Oktay E. Ö., Karahan M., In silico analysis of SNPs and miRNAs of KCTD13, CSDE1, SLC6A1 genes associated with autism spectrum disorder., Egyptian Journal of Medical Human Genetics, (2025), (), , .
  2. Manaz M., Karasakal Ö. F., Oktay E. Ö., Karahan M., In silico analysis of missense SNPs in GABRA1, GABRB1 and GABRB3 genes associated with some diseases in neurodevelopmental disorders, Egyptian Journal of Medical Human Genetics, (2023), (), ., .
  3. Oktay E. Ö., Kaman T., Karasakal Ö. F., Atalay V. E., In Silico Prediction and Molecular Docking of SNPs in NRP1 Gene Associated with SARS-COV-2, Biochemical Genetics, (2023), (), -, .
  4. OKTAY E. Ö., TUNCAY S., KAMAN T., KARASAKAL Ö. F., ÖZCAN Ö. Ö., SOYLAMIŞ T., KARAHAN M., KONUK M., An update comprehensive review on the status of COVID-19: vaccines, drugs, variants and neurological symptoms, TURKISH JOURNAL OF BIOLOGY, (2021), 42(), 342-357, .
  5. Oktay E. Ö., Bioinformatics Analysis of FunctionalSNPs in Human ASAH1 Gene Related to Farber Disease, RUSSIAN JOURNAL OF GENETICS, (2021), (), ., .
  6. KAMAN T., OKTAY E. Ö., ULUCAN K., KONUK M., KARASAKAL Ö. F., In silico approach to the analysis of SNPs in the human APAF1 gene, TURKISH JOURNAL OF BIOLOGY, (2019), (), 1-17, .

7.2. Papers published in other internationally peer-reviewed journals

  1. Rezaeirad A., Karasakal Ö. F., Oktay E. Ö., Karahan M., In silico Evaluation of Single Nucleotide Polymorphisms in CHRNA7 and GRIN1 Genes Related to Alzheimer's Disease, The Journal of Neurobehavioral Sciences, (2022), (), 22-28, .

7.3. Assertions presented in international scientific congresses and published in the proceedings

  1. Oktay E. Ö., İnterferon gamayı kodlayan IFNG genindeki yanlış anlamlı tek nükleotid polimorfizmlerinin olası etkilerinin in silico olarak değerlendirilmesi, 7th International Eurasian Conference on Biological and Chemical Sciences, (04.10.2024), Çevrimiçi
  2. KAMAN T., OKTAY E. Ö., İnsan OXTR Geninde Bulunan Zararlı SNP’lerin İn Silico Yöntemlerle Tahmini ve Analizi, 9. ULUSAL MOLEKÜLER BİYOLOJİ ve BİYOTEKNOLOJİ KONGRESİ, (20.12.2020), ONLİNE (iSTANBUL/TÜRKİYE)
  3. OKTAY E. Ö., In Silico Analysis and Modeling of Missense Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) in Human CALML6 (calmodulin-like 6) gene, 8th International Molecular Biology and Biotechnology Congress, (17.12.2019),
  4. OKTAY E. Ö., KONUK M., KARASAKAL Ö. F., KAMAN T., IN SILICO APPROACH FOR ANALYSIS OF SNPs IN THE ABAD/HSD17B10 GENE, 13th Balkan Congress of Human Genetics, (17.04.2019),

7.4. International books or chapters

7.5. Papers published in national peer-reviewed journals

  1. KARASAKAL Ö. F., OKTAY E. Ö., KAMAN T., Evaluation of missense SNVs within human APOE (Apolipoprotein E) gene via bioinformatics tools, Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, (2023), (), ., .
  2. Demirci N., Oktay E. Ö., Karahan M., Alzheimer Hastalığıyla İlişkili BID, MAPK10 ve AGER Genlerindeki SNP ve miRNA'ların İn Silico Araçlar Kullanılarak Değerlendirilmesi, Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi, (2023), (), ., .
  3. OKTAY E. Ö., KAMAN T., KARASAKAL Ö. F., ULUCAN K., KONUK M., TARHAN N., Alzheimer Hastalığı ile İlişkilendirilen APH1A Genindeki Zararlı SNP’lerin In Silico Yöntemler ile Belirlenmesi, Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, (2019), 23(2), 196-204, https://doi.org/10.19113/sdufenbed.522738.

7.6. Assertions presented in national scientific congresses and published in the proceedings

  1. Oktay E. Ö., Hastalıklarla ilişkili genlerde bulunan SNP’lerin biyoinformatik analizleri, Üsküdar Üniversitesi 1. Ulusal Tıp Öğrencileri Kongresi, (29.05.2022), İstanbul Türkiye
  2. Oktay E. Ö., Moleküler biyolojide in silico uygulamaları: SNP örneği, 10. Ulusal Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresi, (17.12.2021), Online
  3. Oktay E. Ö., Kaman T., Biyoinformatik Yaklaşım ile Aspartilglukozaminidazı kodlayan AGA genindeki Fonksiyonel SNP'lerin Tahmini, 9. ULUSAL MOLEKÜLER BİYOLOJİ ve BİYOTEKNOLOJİ KONGRESİ, (19.12.2020), ONLİNE
  4. KARASAKAL Ö. F., OKTAY E. Ö., ULUCAN K., KONUK M., KAMAN T., ALZHEİMER HASTALIĞINDA ROLÜ OLAN BETA SEKRETAZ GENİNİN (BACE1) IN SILICO ANALİZİ, TBD Uluslararası Biyokimya Kongresi 2018 - 29. Ulusal Biyokimya Kongresi (26.10.2018 tarihinde kongre katılımı), (30.10.2019),
  5. OKTAY E. Ö., KONUK M., KARASAKAL Ö. F., KAMAN T., IN SILICO APPROACH FOR ANALYSIS OF SNPs IN THE ABAD/HSD17B10 GENE, 13th Balkan Congress of Human Genetics, (17.04.2019),
  6. KAMAN T., OKTAY E. Ö., ULUCAN K., KONUK M., KARASAKAL Ö. F., BİLGİSAYAR TABANLI YAZILIM ARAÇLARI İLE APH1B GENİNDEKİ FONKSİYONEL SNP’LERİN TAHMİN EDİLMESİ, TBD Uluslararası Biyokimya Kongresi 2018 - 29. Ulusal Biyokimya Kongresi, (29.10.2018),
  7. OKTAY E. Ö., In silico analizler ile insan BAK1 genindeki fonksiyonel SNP’lerin tanımlanması, Ulusal Uygulamalı Biyolojik Bilimler Kongresi, (03.05.2018),

7.7. Other publications

Books published by national publishers

Book chapters published by national publishers

8. Projects

  1. Türen S., OKTAY E. Ö., TÜBİTAK Öğrenci Projesi, Tourette Sendromu ile ilişkili HDC geninde yer alan SNP’lerin in silico analizi, (Consultant), (Expire date :01.07.2025),

9. Administrative Duties

  1. Enstitü Müdür Yardımcısı / Deputy Head of Institute - Sağlık Bilimleri Enstitüsü (2020-2023)
  2. Program Başkanlığı / Head of Program - Laboratuvar Teknolojisi (2017-Continues)
  3. Bölüm Başkanlığı / Head of Department - Kimya ve Kimyasal İşleme Teknolojileri (2017-Continues)
  4. Kurul Üyeliği / Board Member - Enstitü Kurulu Üyeliği (2020-2023)
  5. Kurul Üyeliği / Board Member - Enstitü Yönetim Kurulu Üyeliği (2020-2023)
  6. Kurul Üyeliği / Board Member - MYO Yönetim Kurulu Üyeliği (2019-2023)
  7. Kurul Üyeliği / Board Member - MYO Kurulu Üyeliği (2017-Continues)
  8. Öğrenci Danışmanlığı / Student Adviser - 41-50 Öğrenci Danışmanlığı (2017-Continues)
  9. Komisyon Üyesi / Member of Commission - Bologna Komisyonu (2020-2023)
  10. Komisyon Üyesi / Member of Commission - Uluslararası Öğrenciler Akademik Komisyonu (2019-Continues)
  11. Komisyon Üyesi / Member of Commission - Müfredat Geliştirme ve Ders Metaryali Komisyonu (2019-2023)
  12. Çalışma Grubu Üyelikleri / Research Group Membership - Biyolojik Aktiviteler Grubu (2020-Continues)
  13. Çalışma Grubu Üyelikleri / Research Group Membership - Hesaplamalı Biyoloji ve In Silico Çalışmaları Grubu (2019-Continues)
  14. Çalışma Grubu Üyelikleri / Research Group Membership - Nörogenetik Çalışma Grubu (2019-Continues)

10. Scientific Memberships

11. Awards

12. Coourses recently given

Academic Year Semester Course name Hours Number of Students
Theoretical Application
2024-2025 Spring Biyolojik Veri Tabanları (Master) - Group 1 3 0 7
Laboratuvar Tekniği II (Associate) - Group 2 2 0 57
Tarımsal Ekoloji (Associate) - Group 1 2 0 28
Yaz Stajı (Associate) - Group 2 0 0 41
Temel Tıbbi ve Biyolojik Bilimler (Associate) - Group 1 3 0 77
Üniversite Kültürü I (Associate) - Group 2 0 2 3
Üniversite Kültürü II (Associate) - Group 2 0 2 57
Fall Üniversite Kültürü I (Associate) - Group 2 0 2 53
Genel Biyoloji (Associate) - Group 2 2 0 129
Laboratuvar Tekniği I (Associate) - Group 1 2 2 40
Laboratuvar Güvenliği (Associate) - Group 1 2 0 35

Created: 17.09.2025